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位於墨田區押上的寧靜一隅，高木神社創建於1468年（應仁二年）。最初被稱為「六天神社」，祭祀欲界天的第六天——他化自在天。然而，因明治時代的神佛分離政策，改以高皇產靈尊（高木神）為主祭神，社名也改為「高木神社」。
1940年（昭和十五年）被列為村社，1967年（昭和四十二年）社殿改建為鋼筋混凝土結構。
2018年，山本崇一朗的漫畫《擅長捉弄人的高木同學》被改編為動畫，因主角高木同學與神社名稱相同，導演赤城博昭及聲優高橋李依等人前來參拜，祈願作品成功。之後，神社與製作團隊合作，在社內擺放了巫女裝扮的高木同學人偶，並販售以高木同學為設計的御朱印和御守，成為作品粉絲朝聖的聖地。
高木神社作為歷史與現代文化交會之地，深受眾人喜愛。