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位于墨田区押上的安静一隅，高木神社建于1468年（应仁二年）。最初被称为“六天神社”，供奉欲界天的第六天——他化自在天。然而，明治时代实行神佛分离政策后，改以高皇产灵尊（高木神）为主祭神，社名也更改为“高木神社”。
1940年（昭和十五年）被列为村社，1967年（昭和四十二年）神殿改建为钢筋混凝土结构。
2018年，山本崇一朗的漫画《擅长捉弄人的高木同学》被改编为动画，因为主人公高木同学与神社名称相同，导演赤城博昭及声优高桥李依等人为作品成功前来参拜。此后，神社与制作团队合作，在社内摆放了巫女装扮的高木同学人偶，并销售以高木同学为设计的御朱印和护身符，成为作品粉丝们前来朝圣的圣地。
高木神社作为历史与现代文化交汇之地，深受众多人们的喜爱。